ב-30 במאי 1967 חתם חוסיין, מלך ירדן, חוזה עם נאצר, שליט מצרים. משמעות החוזה היתה שצבא ירדן סר למרותו של הצבא המצרי.
חוסיין הצטרף למצרים מסיבות שונות. הוא נסחף להתלהבות וההתלהמות של העולם הערבי באותם הימים ולא רצה כי נאצר ישיג ניצחון באזור בלעדיו ובכך יחזק את מעמדו והשפעתו בעולם הערבי בעוד חוסיין נשאר מאחור ומסכן את משטרו.
חוסיין, שעד לאותו הזמן ניסה להרגיע את האזור, הצטרף למצרים וסוריה, ועתה עמדו מול ישראל 465,000 חיילים, 3,000 טנקים ויותר מ-800 מטוסים.
ברית המועצות ניסתה להרגיע את הצדדים, אך המשפיעה העיקרית היתה ארצות הברית.
לוי אשכול עוד ניסה לגרום לארצות הברית להשפיע על מצרים באגרת בהולה ששלח, אך האמריקאים, כמו רוב העם בישראל באותה התקופה, הבינו שמהמשבר הזה תצא מלחמה.
2 ביוני 1967. מוקמת ממשלת אחדות לאומית ודיין מחליף את לוי אשכול בתפקיד שר הביטחון.
באותו היום מתכנסת “ועדת השרים לענייני ביטחון”. מול ראש הממשלה לוי אשכול ושר החוץ, אבא אבן, עמדו מרבית חברי המטה הכללי ודיין ובגין, שהיו חלק מממשלת האחדות שהקים אשכול ודרשו מלחמה.
האלופים שהשתתפו בישיבה טענו כי אי יציאה למלחמה משמעותה “הפקרת” עם ישראל.
אשכול חיכה להסכמת ארצות הברית וחשש מתגובתם אם יצא למלחמה ללא אישור מהם. הוא חיכה לראש המוסד שהיה אמור לחזור משליחותו לארצות הברית למחרת. אשכול עוד קיווה שהאמריקאים יתערבו ויסירו את הסגר הימי שהטילה מצרים על ישראל.
3 ביוני 1967. כשחזר מאיר עמית, ראש המוסד, אמר שארצות הברית לא יעשו דבר כדי לשנות את עמדת מצרים ולא יגיבו אם ישראל תתקוף. אשכול מבין שלא תבוא משם הישועה ומכנס את הממשלה לקבלת החלטה מוסמכת ליציאה למלחמה.
4 ביוני 1967. בבוקר מתקיימת ישיבת הממשלה. אבא אבן שרוצה להמתין מול משה דיין שרוצה לצאת מייד למלחמה. דיין מעדכן שהצבא המצרי מקדם כוחות והזמן שעובר רק מביא להתחזקות הערבים. המסקנה שיוצאת מישיבת הממשלה היא “שצריך לתת הוראה לצבא לבחור לו את הזמן, את המקום ואת השיטה המתאימה לו”. רוב השרים מצביעים בעד יציאה מיידית למלחמה.
דיין משתף בתוכנית המלחמה. הפצצת חיל האויר המצרי והבקעת סיני בכוח של שלוש אוגדות. למרות תפיסתו השונה של רבין, הרמטכ”ל, דיין פוקד על הצבא שלא לכבוש את רצועת עזה. כמו כן הוא מדגיש שיש להמנע מהתנגשות עם הירדנים והסורים.
כל אותו היום והלילה התקיימו ישיבות מרתוניות ולקראת הלילה כבר היה אשכול רגוע. הוא בטח ביכולתו של צה”ל. הוא זכר מה שהבטיח לו ידידו משה ברעם “אם תפרוץ מלחמה, נשבור להם את העצמות”.

5 ביוני 1967. אשכול מקבל דיווחים מהשטח על השמדת שני שלישים מחיל האויר המצרי וקרקוע שדות התעופה של מצרים. אשכול נמצא כל הזמן בקשר עם דיין, מתעדכן ומשתף את דיין בקבלת ההחלטות. סדר העדיפויות נקבע: השמדת השריון המצרי, כיבוש שארם-א-שיח’ והשלמת הכיבושים בגדה המערבית.
תוך כדי אשכול מקדם גם מהלכים מדיניים ומעדכן את העם בשידורי “קול ישראל”. הוא מבטיח לעם כי “הדוף נהדוף את האויב ונכריע את צבאו”.
תוך שלושה ימים נכבש חצי האי סיני ואלוף פיקוד הדרום גביש, מבקש מרבין הרמטכ”ל, לכבוש את רצועת עזה ולהגיע לתעלת סואץ. רבין לא שואל את דיין ונותן לגביש את האישור להמשיך במהלך. דיין, כמובן, כעס מאוד על המהלכים האלה לאחר מכן.
שר הביטחון נתן הוראה לרמטכ”ל לא להגרר למלחמה בחזית הירדנית והסורית, אך הירדנים לא חיכו וכבר בשעות הראשונות של המלחמה פתחו חזית נוספת.
אשכול שולח שדר לחוסיין, מלך ירדן, שיפסיק את הפעילות הצבאית ולא יבוצעו מלהלכים נגדו, אך אם ימשיך במעשיו נגיב בכל הכוח. הירדנים המשיכו בשלכם, כבשו את “ארמון הנציב” ולא הפסיקו את ההפגזות. אשכול מכנס ישיבה ובה מחליטים לכבוש את הר הצופים ולהפעיל את חיל האויר נגד מטרות בירדן וסוריה.
הפעילות נגד ירדן מעוררת את בגין ואלון ללחוץ על אשכול שישלח כוחות לכבוש את הגדה המערבית כולה ואת ירושלים העתיקה כבר בצהרי ה-5 ביוני. אשכול דוחה את בקשתם והם חוזרים עליה בשעות הערב. אשכול כבר מצטרף לדעתם, אך מבקש לדחות את זה לשלב מאוחר יותר. המניע של בגין ואלון היה יהודי-הסטורי, אך אשכול מסכים לדרישה מתוך רצון להעניש את המלך חוסיין על פעולותיו.
בהמשך ניתנות הפקודות לכבוש גם את בית לחם, רמאללה ושכם. העיר העתיקה נשארה עדיין בסימן שאלה.
6 ביוני 1967. קרבות בירושלים המזרחית. דיין עדין אוסר לפרוץ לעיר העתיקה. חוסיין מתחיל להבין את הטעות שעשה ופונה באמצעות האו”ם בבקשה להפסקת אש. אשכול מתנה את הפסקת האש בקיום שיחות שלום, דבר שחוסיין לא יכל לקבל.

7 ביוני 1967. בגין מעיר את אשכול מוקדם בבוקר. הוא מתנצל ואומר כי שמע בחדשות B.B.C שמועצת הביטחון של האו”ם קבלה החלטה על הפסקת אש שתכנס לתוקף בשעה 10 בערב.אשכול מתקשר לדיין, שמבטיח לו שיכבוש את העיר העתיקה. ראש הממלשלה מכנס ישיבת שרים בכירים ובה מודיע דיין כי הטיל על חטיבת הצנחנים בפיקודו של מוטה גור לכבוש את העיר העתיקה. לקראת הצהריים כבר מבשר דיין כי הכותל המערבי נכבש ובערב כבר נמצא שם אשכול ונושא דברי ברכה.
אשכול מכיר את הרגישות הדתית שיש לעיר העתיקה וממהר לכנס את ראשי הדתות בירושלים ולהבטיח כי לא תהיה פגיעה במקומות הקדושים.
במקביל לפעילות הצבאית מתקיימת מערכה מדינית אינטנסיבית. אשכול רוצה להבטיח את ארצות הברית לצד ישראל וכן שברית המועצות לא תתערב לטובת הערבים. שר החוץ, אבן, שולח אגרות למדינות הידידותיות לישראל בשם ראש הממשלה, בכדי לקבל גיבוי לפעולות ישראל. אשכול מבין כי קצר הזמן עד שתחליט מועצת הביטחון של האו”ם על הפסקת אש ולוחץ על דיין לסיים את הקרבות המהירות ולהשיג את היעדים שישראל הציבה לעצמה.
בבוקר ה-7 ביוני כבר היה ברור שישראל השיגה ניצחון מפואר. אשכול רוצה לנצל את ההתפתחויות הצבאיות כמנוף להנעת תהליך מדיני. בימים שאחרי המלחמה הדגיש אשכול בכל פורום כי המלחמה היא צעד ראשון בדרך להגשמת המטרה הנכספת, השלום בין העמים במזרח התיכון.
בישיבת ועדת השרים מעלה אשכול את האפשרות של כיבוש חלקים מן הרמה הסורית במטרה להסיר את האיום על יישובי הצפון ולהגדיל את השליטה במקורות המים. דיין מתנגד בטענה שאם כדי לא לסבך את צה”ל בחזית נוספת ואשכול גם מקבל איומים מברית המועצות שתקיפה בתפון יכולה להיות בעלת תוצאות קשות לישראל. אשכול מוותר ומשאיר את האופציה פתוחה לפלוש לרמה בהתאם לפהתפתחויות.
8 ביוני 1967. דיין מנחה את אלוף פיקוד הצפון, דדו אלעזר, להיות מוכן לכיבוש הרמה בהתראה קצרה, למרות שלא התקבלה עדיין החלטה על כך. היישובים בצפון דורשים לכבוש את הרמה בשל ההתקפות שהם סובלים מכיוון סוריה. דיין עדיין מתנגד.
9 ביוני 1967. דיין נותן הוראה ישירה לאלוף פיקוד הצפון לכבוש את הרמה הסורית. הוא לא מתאם זאת לא עם הרמטכ”ל ולא עם ראש הממשלחה ושולח שליחים להודיע להם על כך בדיעבד. ועדת השרים לעניני ביטחון מתכנסת לאשר את הפעולה לאחר שיצאה לדרך… בישיבה נשמעה ביקורת קשה על דרך קבלת ההחלטות של שר הביטחון, הוא מצידו טען כי שאר החזיתות הסתיימו ולכן היה ניתן להתמודד עם החזית הזאת וגם שהיה חייב לפעול מהר כי המודיעין קלט מברק של נשיא מצרים ובו נכתב כי הוא עומד לקבל את תנאי הפסקת האש.
נדרשו לצה”ל יומיים של קרבות עקובים מדם לכבוש את הרמה, אך הם הספיקו לעשות זאת (באיחור של כמה שעות מסיום הפסקת האש). בעקבות הצעד, ברית המועצות עוד תשע מדינות של הגוש הקומוניסטי ניתקו את יחסיהם עם ישראל.
בראיה היסטורית ברורה תרומתו המכרעת של אשכול לניצחון. התעקשותו על בניית תשתית חדשה ומודרנית לצבא בעת תפקידו כשר הביטחון, הוכיחה את עצמה. אחד ההישגים הנוספים של המלחמה הוא הליכוד הלאומי שהיה במהלכה החברה הישראלית.
האדם שתרם יותר מכל לניצחון נזרק מתפקידו כשר הבטחון ובמקומו לקח את כל התהילה דיין, שנכנס לתפקידו 5 ימים לפני המלחמה. אשכול תמך בכל המהלכים שהיו נכונים למלחמה ואף שדיין התנגד אליהם (כיבוש העיר העתיקה והרמה) התבצעו לבסוף לפי ראייתו מרחיקת הלכת.
לוי אשכול הוא האיש לו חייבת מדינת ישראל את הכבוד על הניצחון במלחמה ועל הישגיה.
